Добрый день.
Вы обязаны обеспечить раздельный учет доходов и расходов: в какой-то внешней программе или только на бумаге (значения не имеет), но без него налоговики имеют право вообще не принять ваши расходы в уменьшение налоговой базы по УСН.
Цитата: 8. Налогоплательщики, перешедшие по отдельным видам деятельности на уплату единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в соответствии с главой 26.3 настоящего Кодекса и (или) на уплату налога, уплачиваемого в связи с применением патентной системы налогообложения, в соответствии с главой 26.5 настоящего Кодекса,ведут раздельный учет доходов и расходовпо разным специальным налоговым режимам. В случае невозможности разделения расходов при исчислении налоговой базы по налогам, исчисляемым по разным специальным налоговым режимам, эти расходы распределяются пропорционально долям доходов в общем объеме доходов, полученных при применении указанных специальных налоговых режимов.Доходы и расходы по видам деятельности, в отношении которых применяются система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в соответствии с главой 26.3 настоящего Кодекса, патентная система налогообложения в соответствии с главой 26.5 настоящего Кодекса (с учетом положений, установленных настоящей главой), не учитываются при исчислении налоговой базы по налогу, уплачиваемому при применении упрощенной системы налогообложения.
Цитата: 7. Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом, иные виды предпринимательской деятельности,обязаны вести раздельный учетимущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения. При этом учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении видов предпринимательской деятельности, подлежащих налогообложению единым налогом, осуществляется налогоплательщиками в общеустановленном порядке.
Посмотрите еще Письма Минфина
от 27.08.2014 N 03-11-11/42698 и
от 28.04.2010 N 03-11-11/121.